Za kotlem jsou zařazeny různé filtry. Například elektrofiltr zachycuje popílek, který nejprve vlivem elektrického pole získá elektrický náboj a pak se díky elektrostatické síle chytí na tzv. usazovací elektrodě. Škodlivé plyny (například furany či dioxiny) vznikající při hoření jsou ve speciálních katalytických filtrech rozkládány na neškodné složky, či zachycovány v adsorpčních reaktorech.